Ecco il calendario completo dei sedicesimi di finale, l’andata si giocherà il 16 febbraio 2012, il ritorno il 23 dello stesso mese, le seconde classificate nella fase a gironi giocano la prima in casa:

1. Porto - Manchester City
2. Ajax - Manchester United
3. Lokomotiv Mosca - Athletic Bilbao
4. Salisburgo - Metalist Kharkiv
5. Stoke City - Valencia
6. Rubin Kazan - Olympiacos
7. Az Almaar - Anderlecht
8. Lazio - Atletico Madrid
9. Steaua Bucarest - Twente
10. Viktoria Plzen - Schalke 04
11. Wisla Cracovia - Standard Liegi
12. Sporting Braga - Besiktas
13. Udinese - Paok Salonicco
14. Trabzonspor - Psv Eindhoven
15. Hannover - Club Brugge
16. Legia Varsavia - Sporting Lisbona

Accoppiamenti degli ottavi di finale, si gioca l’8 e il 15 marzo 2012:
Vincitrice sfida 4 - Vincitrice sfida 6
Vincitrice sfida 16 - Vincitrice sfida 1
Vincitrice sfida 9 - Vincitrice sfida 10
Vincitrice sfida 11 - Vincitrice sfida 15
Vincitrice sfida 5 - Vincitrice sfida 14
Vincitrice sfida 7 - Vincitrice sfida 13
Vincitrice sfida 8 - Vincitrice sfida 12
Vincitrice sfida 2 - Vincitrice sfida 3